Примерно через шесть месяцев после событий первого фильма Нео начинают сниться кошмары, в которых Тринити погибает. Тем временем экипаж “Навуходоносора” пополняется новыми членами, которых освобожденными Нео. В конце концов корабль возвращается на базу повстанцев, последний город человечества Зион. Там Нео узнает, что машины планируют осаду: 250 000 стражников роют туннели к Зиону, чтобы найти и подавить повстанцев.
Тем временем агент Смит, заклятый враг Нео, являющийся воплощение программы по защите Матрицы, потерпев поражение от Нео, получает возможность к саморепликации, то есть создает толпы своих клонов из людей и других программ, обитающих в симуляции. Кроме того, Смит попадает в реальный мир, загрузив свое сознание в тело одного из членов команд Избранного.
“Навуходоносор” срочно покидает Зион. В Матрице Нео снова встречается с Пифией, которая рассказывает ему, что для того, чтобы остановить нападение машин, ему нужно попасть к Главному Компьютеру. Для этого требуется сначала отыскать некоего Хранителя Ключей, охраняемого одной из старейших программ Матрицы под названием Меровинген.
В поисках Хранителя Нео предстоит встретить новых союзников и новых врагов, обрести новые силы и узнать шокирующую правду о Матрице, которая либо уничтожит человечество, либо подарит ему новую надежду.
