Андрей Малахов уже много лет счастливо женат на Наталье Шкулевой и воспитывает с ней сына Александра. Несмотря на то что в историях других людей Малахов копается с удовольствием, о своей личной жизни знаменитый телеведущий предпочитает не говорить. Лишь иногда Андрей рассказывает что-то интересное о своей семье.
Он признался, что полностью доверяет своей жене, поэтому не стал заключать с ней брачный контракт. На шоу Ирины Безруковой «Начало» Малахов говорит, что они с женой практически никогда не ругаются, а дома царит тишина и идиллия. «Деньги приношу я, но жена тоже работает», — говорит телеведущий. Он добавляет, что никогда не спорит с женой из-за денег, а любые появляющиеся споры они сразу же решают с помощью переговоров и компромиссов, что Малахов считает залогом долгой и счастливой супружеской жизни.