Примерно на 48-й минуте, когда Джек преследует трёх медведей и Голди, он берёт меч и наносит им взмах справа налево (с его точки зрения), но медведи и Голди летят вниз по правой стороне, а не по левой, как должно было быть'.
Когда перед глазами у Кота промелькивают моменты из его первых восьми жизней, воспоминание о «Шрек 2» показано раньше, чем воспоминания из первого фильма «Кот в сапогах». Хотя это соответствует реальному порядку выхода фильмов, первый фильм «Кот в сапогах» на самом деле является приквелом и происходит до любых фильмов франшизы «Шрек», что делает хронологическое размещение воспоминания о «Шрек 2» неверным в рамках вселенной. Тем не менее было подтверждено, что «Кот в сапогах 2: Последнее желание» происходит после основных фильмов «Шрек», что делает этот флэшбэк корректным. Об этом свидетельствует воспоминание о седьмой смерти Кота, где он показан за выпечкой вместе с Пряничным человечком.
Пиноккио поёт, что он — настоящий мальчик, но его нос не растёт от лжи, как обычно.
Когда Кот в сапогах был расплющен колоколом, колокол громко прозвенел. Когда колокол упал на землю, он не должен был издать такой громкий звук.
Сёстры‑змеи мгновенно меняются местами, когда камера переключается после того, как одна из них смотрит на уменьшившийся корабль в бутылке.
