Герой сериала «Сегун» – молодой лоцман британского судна Джон Блэкторн. Юноша происходит из богатой семьи, он обучен физике, географии, математике и военному делу. На борт он ступил по собственному решению, чтобы набраться опыта и стать мужчиной. Однако судно терпит крушение в чужих водах где-то у берегов Японии. Выжившие моряки оказываются на земле могущественного восточного князя Торанаги. Он берет под покровительство Блэкторна, впечатлившись его умом. Юноше предстоит погрузиться в совершенно чуждую культуру.
