Во 2 сезоне сериала «Манифест» действие шоу по-прежнему разворачивается вокруг загадочного пассажирского рейса Ямайка – Нью-Йорк. После попадания в закрытую зону самолет пропал с радаров диспетчеров, никто не слышал о нем в течение пяти лет. Однако в один прекрасный день лайнер просто приземлился в аэропорту со всеми пассажирами на борту. Впоследствии каждый из выживших начал видеть непонятные галлюцинации, которые оказываются пророческими. Все произошедшее накладывает отпечаток на общество. Некоторые люди воспринимают пассажиров как новых мессий, другие же считают, что они представляют угрозу.