Во 2 сезоне сериала «Алхимия душ» продолжается запутанная история об обмене телами. Действие происходит в вымышленной стране Тэхо, где живут настоящие колдуны и маги, а подростков отправляют в магические академии для освоения древней мудрости. Главные герои – девушка из знатной семьи и простой парень с ее курса – по-прежнему связаны неразрывными магическими узами. Они знают все мысли и эмоции друг друга, но такое положение больше не огорчает и не злит их, а приводит к неожиданным взаимным чувствам. Пытаясь выпутаться из ситуации, герои обращаются к опыту людей, которые испытали на себе «алхимию душ» много лет назад.