В 1-м сезоне сериала «Низкоквалифицированный ниндзя» в Японии в середине XX столетия открывается агентство, направленное на борьбу с терроризмом и экстремизмом, где работают ниндзя. Сначала они выполняют свои задачи строго на территории Японии, но с течением времени о них узнают во всем мире. Власти разных стран привлекают ниндзя для работы над международными делами. Количество сотрудников растет. Одним из них является Кудо — 17-летний школьник-неудачник, который хочет стать полноценным членом команды, защищающей страну от нападений иностранных злоумышленников. Цель, конечно, благородная... но и очень опасная.