В 1 сезоне сериала «Департамент» действие разворачивается вокруг сотрудников спецслужб. Они всю свою жизнь работают под прикрытием, находя и вербуя людей, которые могут оказаться полезными для правительства и стать источниками разведданных. Главные герои отвечают за подготовку и работу шпионов с глубоким прикрытием (действующих «под легендой») в длительных миссиях. Они представляют интересы государства в отдаленных регионах. Вынужденные существовать под фальшивыми личностями на протяжении многих лет, агенты обязаны ориентироваться в правилах шпионской жизни. Во время работы герои сталкиваются со множеством проблем.