В 1 сезоне сериала «Последний клан ниндзя» события разворачиваются в Японии в наши дни. Главными героями становятся представители древнего могущественного японского рода Тавара. На протяжении нескольких столетий члены этого клана считались лучшими ниндзя, равных которым не было на территории страны. Однако все изменила одна трагическая случайность. С тех пор Тавара отказались от истории своего рода и забыли о корнях. Но в тот момент, когда страна рискует столкнуться с величайшим кризисом, персонажи вынуждены принять свое прошлое и войти в историю как последние ниндзя на территории Японии...